Kyrkan består idag av ett rektangulärt långhus, ett smalare kor med absid samt ett torn med en hög tornspira. På korets norra sida finns en sakristia. Kyrkan har sin huvudingång genom tornet i väster samt har en igensatt portal på tornets norra sida. Taket och tornspiran är liksom under äldre tid spånklädda. Koret och långhuset ligger inte i förband och därmed kan konstateras, att de inte har byggts samtidigt. Koret med sin absid har en utvändig dekoration i form av rundbågar och lisener fick sin spridning i Götaland under 1100-talets andra hälft. Absiden har ett hjälmformat valv medan koret valvslagits under senmedeltiden. Koret är uppfört av stor välhuggen kvadersten och har tydligen byggts mot en äldre träkyrka och torde ha tillkommit under 1100-talets andra hälft. Kort därefter har långhuset av trä rivits och ersatts med ett långhus av sten med en sydportal samt ett högt sittande fönster på sydsidan. Långhuset består dels av kalksten i olika format dels av marksten och är inte lika välhugget som i koret. Detta långhus har haft en öppen takstol med en synlig nockås, som har varit ornamenterad. Takstolen och nockåsen är ännu i huvudsak bevarade ovan valven. Sådana nockåsar återfinns i kyrkor från 1100-talets första del, exempelvis i Herrestads kyrka i Östergötland, där den ursprungligen suttit i en träkyrka. Nockåsen har också i Flistad använts sekundärt och har sannolikt funnits i den äldre träkyrkan. Långhusets takstol är delvis ursprunglig och har daterats genom dendrokronologi till tiden 1140-80. Långhusets väggar har varit putsade med undantag för västmuren. På långhusets västvägg finns en ännu bevarad rundbågig portal, mycket högt sittande, som ingång till en läktare i det romanska långhuset. Möjligen rör det sig om en stormanna läktare, som också dolt den oputsade västväggen. Tornet är uppfört av kalksten i ojämnt format men också med inslag av marksten. Dess huvudingång har varit mot norr, där en praktfull portal infogats. Tornet har numera en liten ingång på södra sidan som med en smal murtrapp leder upp till dess övre våningar. Denna ingång är dock upptagen i sen tid, sannolikt under 1600-talet. Under medeltiden nåddes trappan genom tornets bottenvåning. Västportalen tillkom först 1836. Tornets trävirke har genom dendrokronologi daterats till tiden efter år 1300. Tornet är ytterst intressant genom det höga kryssvalvet i bottenvåningen som är ursprungligt och har en konstruktion med kalkstensflis, men är tämligen primitivt genom sin oregelbundenhet. Portalen på norra sidan har en utformning, som är vanlig på Gotland. Den har säkerligen varit en stormannaingång. Den är svagt spetsbågig med en inre klöverbladsformad båge och en rad kolonnbaser utan kolonner. Portalen har sålunda troligen inte ursprungligen varit avsedd för tornet i Flistad utan där använts sekundärt. Tornet bör sålunda i huvudsak ha byggts vid 1300-talets början. En egendomlighet är att tornets murar i anslutningen till långhuset i våningen ovan valvet uppvisar samma skador som långhusets västvägg. Möjligen kan det tolkas som att ett torn planerats och påbörjats, när långhuset byggdes, men av någon anledning avbrutits. Långhuset och koret har under hand fått ett plant trätak, vilket kan konstateras genom spikarna på bindbjälkarnas undersidor, men 1505 slogs stenvalven i kyrkan, vilka försågs med kalkmålningar. Kyrkan hade under medeltiden ett vapenhus utanför sydportalen. Detta revs 1836.