Ekebyborna kyrka är belägen på ett höjdparti i ett för övrigt flackt öppet odlingslandskap söder om sjön Boren. Kyrkan har en komplicerad medeltida byggnadshistoria. Den uppfördes av tuktad kalksten sannolikt omkring 1100-talets mitt och under slutet av 1100-talet uppfördes tornet i väster. Tornet har i bottenvåningen ett tunnvalv med torntrappan i murens södra del. Tornets andra våning är indelat i två rum med tunnvalv, varav det norra kallas för S:t Birgittas bönekammare. Muren på det ursprungliga långhusets västgavel har spår efter kvaderritsningar. Tornet har dubbla ljudöppningar med kolonnetter i romansk stil. Under 1300-talet utvidgades långhuset åt öster med ett stort kor och sakristian tillbyggdes på den norra sidan. Omkring 1400-talets mitt ersattes det tidigare plana trätaket av kryssvalv. Under senmedeltiden inträffade ytterligare en större ombyggnad då korets östra vägg nedrevs och förlängdes med ett smalare kor. Kyrkan har kalkmålningar som tillkommit vid tre olika tillfällen mellan 1430-talet och 1520-talet. Målningarna i det höggotiska koret har släktskap med framställningar av den s k Risingemästaren, men anses utförda av en elev till denne. De senare målningarna tillskrivs en elev till mäster Amund. I slutet av 1500-talet lät riksrådet Hogenskildt Bielke, ägare till Ulfåsa slott, uppföra ett gravkor på långhusets södra sida. Gravkoret och den stora gravtumban uppfördes av byggmästaren Hans Fleming, som var arkitekt för Vadstena slott. Gravkoret försågs med kryssvalv och fick exteriört formen av en enkel sakristiutbyggnad med sadeltak. Gravtumban är rikt skulpterad och har spår efter bemålning. Bielke begravdes dock aldrig här utan i Riddarholmskyrkan. Efter en förödande brand 1671 uppfördes 1687 ett nytt tak på långhuset och tornspira av byggmästaren Mathias Schröder från Gripenberg.