Björkeberg förekommer på 1300-talet under namnet Birkeberga. Det är belägen ca 1½ mil väster om Linköping. Nordöst om kyrkan ligger ”Humparna”, ett av Östergötlands största gravfält med karaktär av främst yngre järnålder, men har troligen börjat användas redan under äldre järnålder. I sydväst finns ett liknande gravfält. Kyrkogården omges av en kallmurad halvmur. Huvudingången är förlagd i söder och här finns en smidesgrind från 1800-talets slut.
Kyrkan uppfördes troligen vid 1200-talets början med långhus och absidkor. Sakristian tillbyggdes under senare delen av medeltiden. Enligt icke belagda uppgifter lär ett stentorn ha funnits i väster, tillkomsttiden är dock okänd. I söder fanns en port som senare blev försedd med ett vapenhus. Även koret hade en ingång från söder, som vid en restaurering 1945 åter togs upp. Fönstren var små och högt placerade, vilket den återställda fönsteröppningen i södra kormuren är ett exempel på. Murarna stod oputsade till slutet av 1200-talet då de försågs med en gulbrun puts. Vid samma tid vidgades den ursprungligen mycket smala triumfbågen. Ursprungligen bestod innertaket av ett platt trätak, något högre än dagens trävalv. En runristning på latin på norra bågmuren är bevarad från denna tid Denna plats är deras som sjunga ej andras. Texten innebär att utöver klockare och präst var koret reserverat för sångare, ej för den övriga församlingen.
På 1840-talet fanns det planer på att uppföra en gemensam kyrka med Ledberg, men tack vare starka protester från församlingen klarade sig Björkebergs kyrka från rivning.